Родился 24 марта 1782 г. на мызе Нежинская (ныне в Ленинградской области).
Внебрачный сын крепостной крестьянки, получивший в младенчестве вольную. Обучался в Воспитательном училище при петербургской Академии художеств (1788—1797 гг.), а затем в классе исторической живописи Академии (1797— 1803 гг.), где был оставлен для выполнения работы на соискание золотой медали. В 1806 г. за картину «Дмитрий Донской по одержании победы над Мамаем» Кипренский получил эту награду.
Всё творчество Кипренского связано с жанром портрета. Как представитель эпохи романтизма, он явился обновителем традиций русского портретного искусства. Его работы утверждают ценность личности, отражают эмоциональный мир человека.
В 1809—1812 гг. художник жил и работал в Москве и Твери, затем, став академиком Академии художеств (1812 г.), приехал в Петербург. Здесь он создавал портреты участников Отечественной войны 1812 г. и представителей русской культуры, рисовал женщин, детей.
В 1816 г. уехал за границу: посетил Италию, Швейцарию, Францию и Германию. С успехом участвовал в выставках в Риме и Париже.
В 1823 г. Кипренский вернулся в Петербург. Он делает портреты своих видных современников (В. А. Жуковский, П. А. Вяземский, С. С. Уваров и др.). На экспозициях Академии художеств 1824 и 1827 гг. его полотнам отводились отдельные залы.
Кипренский был также виртуозным рисовальщиком, создавшим (преимущественно в технике итальянского карандаша и пастели) образцы графического мастерства, зачастую превосходящие открытой, волнующе легкой своей эмоциональностью его живописные портреты. Это и бытовые типажи («Слепой музыкант», 1809, Русский музей; «Калмычка Баяуста», 1813, Третьяковская галерея), и знаменитая серия карандашных портретов участников Отечественной войны 1812 года (рисунки с изображением Е. И. Чаплица, А. Р. Томилова, П. А. Оленина, рисунок с поэтом Батюшковым); героическое начало здесь приобретает задушевный оттенок.
Большое число набросков и текстовые свидетельства показывают, что художник весь свой зрелый период тяготел к созданию большой (по его собственным словам из письма А. Н. Оленину 1834), «эффектной, или, по-русски сказать, ударистой и волшебной картины», где в аллегорической форме были бы изображены итоги европейской истории, равно как и предназначение России. «Читатели газет в Неаполе» (1831, Третьяковская галерея) — по виду просто групповой портрет — на деле есть скрытно-символический отклик на революционные события в Европе.
Однако наиболее честолюбивые из живописных аллегорий Кипренского остались неосуществленными, либо пропали (подобно «Анакреоновой гробнице», завершенной в 1821). Эти романтические поиски, однако, получили масштабное продолжение в творчестве К. П. Брюллова и А. А. Иванова.